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airwayデータでGSEA解析やってみた:ORAとの違いも解説【後編】
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本記事では、前編で準備したairwayデータを用いて、**ORA(Over-Representation Analysis)とGSEA(Gene Set Enrichment Analysis)**の実行例と可視化方法を紹介しています。RのclusterProfilerパッケージを中心に、enrichGOとgseGO関数を用いた解析を行い、enrichplotによる視覚的な解釈も丁寧に解説します。
5日前

airwayデータでGSEA解析やってみた:ORAとの違いも解説【前編】
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本記事では、R環境でのGSEA(Gene Set Enrichment Analysis)解析の実践的な流れを、airwayパッケージの公開データを用いて丁寧に解説しています。ヒト気道平滑筋細胞に対するステロイド処理の有無による発現変動をDESeq2で解析し、その結果をもとにエンリッチメント解析の準備までを行います。
1ヶ月前

知らないと損する!肥大化したWSL2のディスク容量を解放し、Docker環境をクリーンに保つベストプラクティス
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WindowsのWSL2(Windows Subsystem for Linux 2)とDockerを使用する人が直面しがちな「Cドライブの容量が突然ゼロになる」問題について、その原因と具体的な解決策を解説
2ヶ月前

WindowsでLinux環境を作る:WSL2の導入【ドライ解析への大きな一歩】
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Windows PC上にLinux の仮想環境を作る WSL2(Windows Subsystem for Linux version 2)の導入方法をご紹介します!
3ヶ月前

【Docker】仮想環境まわりのデータ形式の変換方法【Apptainer (Singularity)】
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仮想環境 (Docker など) まわりのデータ形式の変換コマンドをご紹介!
1年前

【シングルセル解析】クラスタリング樹形図を描画する方法【clustree】
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R パッケージ clustree を用いて、クラスタリング樹形図 (clustering tree) を描画する方法をご紹介!
1年前

【機械学習】乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する【Python】
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必要最小限の Python スクリプトで、乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する機械学習モデルを構築!
1年前